Szkoła Podstawowa nr 1 w Malborku została powołana do życia 1 września 2017 roku w związku z wprowadzoną reformą systemu oświaty, ale jej historia jest znacznie bogatsza. Jest bowiem spadkobiercą Gimnazjum nr 1, po którym odziedziczyła nie tylko budynek, ale także kadrę nauczycielską i chlubne tradycje.   

W 2004 roku w drodze powszechnego głosowania przeprowadzonego wśród uczniów, rodziców i nauczycieli został wybrany patron szkoły – Jan III Sobieski. 22 października 2004 r. na mocy uchwały podjętej przez organ prowadzący – Radę Miasta Malborka – odbyła się uroczystość nadania szkole imienia oraz przekazanie sztandaru.