Szkoła Podstawowa nr 1 im. Jana III Sobieskiego w Malborku została powołana do życia 1 września 2017 roku w związku z wprowadzoną reformą systemu oświaty, ale jej historia jest znacznie bogatsza.
Budynek szkoły powstał w 1881 r. na potrzeby ewangelickiej szkoły św. Jerzego. W 1945 r. powstała Szkoła Podstawowa nr 1, której patronem został później Stefan Żeromski. W latach 1947-1975 mieściła się tu również Szkoła Podstawowa nr 5 im. Marii Konopnickiej. Gimnazjum nr 1 powstało 1 września 1999 roku. W 2004 roku w drodze powszechnego głosowania przeprowadzonego wśród uczniów, rodziców i nauczycieli został wybrany patron szkoły – Jan III Sobieski. 22 października 2004 r. na mocy uchwały podjętej przez organ prowadzący – Miasto Malbork – odbyła się uroczystość nadania szkole imienia oraz przekazanie sztandaru. 1 września 2017 roku Gimnazjum przekształcone zostało w Szkołę Podstawową nr 1 im. Jana III Sobieskiego. Obecna placówka jest więc bezpośrednim spadkobiercą Gimnazjum nr 1, po którym odziedziczyła nie tylko budynek, ale także sporą część kadry nauczycielskiej i chlubne tradycje.